Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan dan Kawasan Permukiman dibentuk sesuai Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kepulauan Yapen. Sedangkan tugas dan fungsinya diuraikan dengan struktur organisasi lengkap terdiri dari :
Struktur organisasi tersebut sampai dengan saat ini tidak memiliki Kelompok Jabatan Fungsional dan Unit Pelaksana Teknis Dinas yang mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Pemerintah Daerah sesuai dengan keahlian dan kebutuhan.